課題名：細胞の自己タンパク質分解システム・オートファジーの分子機構と生体における役割
（領域名「タンパク質の一生：細胞における成熟、移動、品質管理」・領域代表：吉田賢右教授、東京工業大学）2003〜2004年度　研究代表者（公募）　

課題名：細胞内物質分解を制御する細胞内輸送機構の構造機能解析
2002〜2004年度　研究代表者　

課題名：細胞内自己分解を担うオートファジー：分子機構及び発生・分化・疾患との関係解析
2002〜2003年度　研究代表者

課題名：細胞内大規模分解システム・オートファジーの生理機能の解析
2002年度　研究代表者　

課題名：細胞内におけるタンパク質の大規模リサイクルシステム
（領域名「タンパク質の一生：細胞における成熟、移動、品質管理」・領域代表：吉田賢右教授、東京工業大学）
2002年度　研究代表者（公募）