科学技術振興機構（旧科学技術振興事業団）の戦略的創造研究推進事業CRESTタイプに、研究課題「たんぱく質と膜が造る細胞内物流システム」（研究代表者・吉森）が採択され、平成14年度から6年間に亘って吉森研究室で研究が実施され平成20年3月に無事終了しました。本課題は、研究領域「たんぱく質の構造・機能と発現メカニズム」（研究総括・大島泰郎東京薬科大学教授）に属していました。

藤田さんの学位論文の一部である"The Atg16L Complex Specifies the Site of LC3 Lipidation for Membrane Biogenesis in Autophagy"(PMID:18321988) の論文が生物学における分野を超えた重要性があるという"Must read"paperとしてFUCULTY OF 1000 BIOLOGY (http://www.f1000biology.com/home) において選定されました。